Dalam menjalankan roda pemerintahan, Pemerintah Kota Tomohon memiliki Sekretariat Daerah sebagai salah satu perangkat daerah. Berikut daftar nama sekretariat, tugas pokok dan fungsi, struktur, beserta kontak yang dapat dihubungi dari masing-masing sekretariat terkait:
SEKRETARIAT DPRD
Kedudukan Sekretariat DPRD merupakan unsur pelayanan terhadap DPRD yang di Pimpin Oleh seorang Sekretaris yang secara teknik operasional berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Pimpinan DPRD dan secara administratif bertanggung jawab kepada Walikota melalui Sekretaris Daerah.
SEKRETARIAT DAERAH
Sekretariat daerah (disingkat setda) adalah unsur pembantu pimpinan pemerintah daerah, yang dipimpin oleh sekretaris daerah (disingkat sekda). Sekretaris daerah bertugas membantu kepala daerah dalam menyusun kebijakan dan mengkoordinasikan dinas daerah dan lembaga teknis daerah. Dalam pelaksanaan tugas dan kewajibannya, sekretaris daerah bertanggung jawab kepada Kepala Daerah. Sekretaris Daerah diangkat dari Pegawai Negeri Sipil (PNS) atau dari Pegawai Pemerintah Dengan Perjanjian Kerja (PPPK)[1] yang memenuhi persyaratan. Sekretaris Daerah karena kedudukannya sebagai pembina PNS di daerahnya. Sekretaris Daerah dapat disebut jabatan paling puncak dalam pola karier PNS di Daerah.