Kota Tomohon merupakan salah satu daerah yang ada di Sulawesi Utara, dapat dicapai dengan mengunakan transportasi darat dari Ibu kota Propinsi Sulawesi Utara, Manado dengan jarak + 25 Km. Jika dari bandara Internasional Sam Ratulangi +34 Km.
Letak Wilayah Kota Tomohon dikelilingi oleh Wilayah Kabupaten Minahasa; yaitu sebelah Utara berbatasan dengan kecamatan Pineleng dan Tombulu (Kab. Minahasa. Sebelah selatan berbatasan dengan kecamatan Sonder dan Remboken (Kab.Minahasa) sebelah Barat dengan kec. Tombariri (Kab.Minahasa) dan sebelah Timur berbatasan dengan Kec. Tondano (Kab.Minahasa) dan kecamatan Airmadidi (Kab.Minahasa Utara). Sementara untuk kabupaten/kota yang berdekatan dengan Kota Tomohon adalah Kabupaten Minahasa Selatan (sebelah Barat) Kota Manado (sebelah Utara) Kabupaten Minahasa (sebelah Timur) dan Kabupaten Minahasa Tenggara (sebelah Selatan)
Kota Tomohon berada di wilayah pegunungan yang terletak pada 1°15′ LU dan 124°50′ BT, memiliki luas 147.21 km² dan terletak di ketinggian kira-kira 900-1100 mdpl.
Terdapat tiga gunung yaitu Gunung Lokon (1.579,6 mdpl), Gunung Tampusu (1.474 mdpl) dan Gunung Mahawu (1.331 mdpl). Beberapa sungai seperti Sungai Ranowangko, Sungai Sapa, Sungai Sinambey dan 32 mata air tersebar. Selain itu terdapat dua danau, yakni Danau Linow dan Danau Pangolombian.