Dalam menjalankan roda pemerintahan, Pemerintah Kota Tomohon memiliki Bagian Daerah sebagai salah satu perangkat daerah. Berikut daftar nama bagian, tugas pokok dan fungsi, struktur, beserta kontak yang dapat dihubungi dari masing-masing bagian terkait:
BAGIAN HUKUM
Bagian Hukum mempunyai tugas melaksanakan dan mengkoordinasikan Peraturan Perundang-Undangan, Teladan Hukum, Memberi Bantuan Hukum, mempublikasikan dan mendokomentasikan Produk Hukum Daerah.
BAGIAN KESEJAHTERAAN RAKYAT
Bagian Kesejahteraan Rakyat mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Asisten Pemerintahan Dan Kesejahteraan Rakyat dalam penyiapan pengoordinasian perumusan kebijakan Daerah, pengoordinasian pelaksanaan tugas Perangkat Daerah, pemantauan dan evaluasi pelaksanaan kebijakan Daerah di bidang keagamaan, kesejahteraan Masyarakat.
Nama Kepala Bagian: FRANSISKUS FERDINAND LANTANG, S.STP
BAGIAN PEMERINTAHAN
Bagian Pemerintahan mempunyai tugas pokok melaksanakan perumusan, koordinasi, pemantauan dan evaluasi perumusan kebijakan daerah, pelaksanaan tugas Perangkat Daerah, dan pelaksanaan kebijakan daerah di bidang administrasi pemerintahan dan fasilitasi penataan Pemerintah Kota Tomohon.
Nama Kepala Bagian: NYOMAN YOSI ANDHIKA NIRMALA, SH, M.H
BAGIAN ADM. PEMBANGUNAN
Bagian Administrasi Pembangunan, mempunyai tugas melaksanakan penyiapan pengordinasian perumusan kebijakan daerah, pengoordinasian pelaksanaan tugas Perangkat Daerah, pemantauan dan evaluasi pelaksanaan kebijakan daerah dibidang penyusunan program dan pengendalian program serta evaluasi dan pelaporan
BAGIAN PENGADAAN BARANG & JASA
Bagian Pengadaan Barang Dan Jasa mempunyai tugas membantu Asisten Perekonomian Dan Pembangunan dalam penyiapan perumusan kebijakan Daerah, pengoordinasian perumusan kebijakan Daerah, pengoordinasian pelaksanaan tugas Perangkat Daerah, pelaksanaan pemantauan dan evaluasi di bidang pengelolaan pengadaan barang dan jasa, pengelolaan layanan pengadaan secara elektronik, pembinaan dan advokasi pengadaan barang dan jasa.
BAGIAN PEREKONOMIAN DAN SUMBER DAYA ALAM
Bagian Perekonomian dan Sumber Daya Alam mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Asisten Perekonomian dan Pembangunan dalam pengoordinasian perumusan kebijakan Daerah, pengoordinasian pelaksanaan tugas Perangkat Daerah, pemantauan dan evaluasi pelaksanaan kebijakan Daerah di bidang pembinaan Badan Usaha Milik Daerah dan Badan Layanan Umum Daerah, perekonomian, dan sumber daya alam.
BAGIAN ORGANISASI
Bagian Organisasi mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan kebijakan Daerah, pengoordinasian perumusan kebijakan Daerah,pengoordinasian pelaksanaan tugas Perangkat Daerah, pemantauan dan evaluasi pelaksanaan kebijakan Daerah di bidang kelembagaan dan analisis jabatan, pelayanan publik dan tata laksana, dan reformasi birokrasi.
Kepala Bagian: INGRID JULIKE FRANSINE PALIT, S.Pt., M.M.
BAGIAN PROTOKOL DAN KOMUNIKASI PIMPINAN
Bagian Protokol dan Komunikasi Pimpinan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan pelaksanaan kebijakan, pengoordinasian pelaksanaan tugas Perangkat Daerah, pemantauan dan evaluasi pelaksanaan kebijakan daerah di bidang protokol, komunikasi dan dokumentasi pimpinan, dan perencanaan dan pelaporan.
BAGIAN UMUM
Tugas Pokok Bagian Umum adalah melaksanakan urusan tata usaha, keuangan Sekretariat Daerah dan keuangan pimpinan, rumah tangga, perlengkapan, keprotokolan dan kepegawaian Sekretariat Daerah.