Dalam menjalankan roda pemerintahan, Pemerintah Kota Tomohon memiliki Badan Daerah sebagai salah satu perangkat daerah. Berikut daftar nama badan, tugas pokok dan fungsi, struktur, beserta kontak yang dapat dihubungi dari masing-masing badan terkait:
BADAN KEPEGAWAIAN DAN PENGEMBANGAN SUMBER DAYA MANUSIA
Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia merupakan unsur penunjang urusan Pemerintahan bidang kepegawaian dan pendidikan dan pelatihan.
Kepala Badan: DJON SONNY LIUW, S.Pi
BADAN KESATUAN BANGSA DAN POLITIK
Badan Kesbangpol merupakan unsur pelaksana fungsi penunjang urusan pemerintahan bidang kesatuan bangsa dan politik. Badan Kesbangpol dipimpin oleh seorang Kepala Badan yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah. Badan Kesbangpol dalam melaksanakan tugas dan fungsinya dikoordinasikan oleh Asisten Pemerintahan.
BADAN PENANGGULANGAN BENCANA
Badan Nasional Penanggulangan Bencana yang selanjutnya dalam Peraturan Presiden ini disebut dengan BNPB adalah Lembaga Pemerintah Non Departemen sebagaimana dimaksud dalam Undang-Undang Nomor 24 Tahun 2007 tentang Penanggulangan Bencana. BNPB berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Presiden.
BADAN PENGELOLAAN KEUANGAN DAN PENDAPATAN
Badan Pengelolaan Keuangan dan Pendapatan Daerah adalah unsur pelaksana otonomi daerah yang bertanggung jawab kepada Walikota; Badan Pengelolaan Keuangan dan Pendapatan Daerah dipimpin oleh seorang Kepala yang dalam melaksanakan tugas bertanggung jawab kepada Walikota melalui Sekretaris Daerah.
BADAN PERENCANAAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN
Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, disingkat Bappeda, merupakan unsur penunjang urusan pemerintahan Bidang Perencanaan yang menjadi kewenangan Daerah yang juga bertindak sebagai unit kerja perangkat Kota sebagai wakil Pemerintah Pusat Bidang Perencanaan.
Kepala Badan: JACQUELINE MAREYKE STELY MANGULU, SP, M.Si