TOMOHON sejak dahulu telah dituliskan dalam beberapa catatan sejarah. Salah satunya terdapat dalam karya etnografis Pendeta N.Graafland yang ketika pada tanggal 14 Januari 1894 di atas kapal Queen Elisabeth, ia menuliskan tentang suatu negeri yang bernama Tomohon yang dikunjunginya pada sekitar tahun 1850. Perkembangan peradaban dan dinamika penyelenggaraan pembangunan & kemasyarakatan dari tahun ketahun menjadikan Tomohon sebagai salah satu ibukota kecamatan di Kabupaten Minahasa.

Dekade awal tahun 2000-an masyarakat di beberapa bagian wilayah kabupaten Minahasa melahirkan inspirasi dan aspirasi kecenderungan lingkungan strategis baik internal maupun eksternal untuk melakukan pemekaran daerah. Berhembusnya angin reformasi dan diimplementasikannya kebijakan otonomi daerah, semakin mempercepat proses akomodasi aspirasi masyarakat untuk pemekaran daerah dimaksud. Melalui proses yang panjang secara yuridis dan pertimbangan yang matang dalam rangka akselerasi pembangunan bangsa bagi kesejahteraan masyarakat Secara luas, maka pemerintah Kabupaten Minahasa beserta Dewan Perwakilan Daerah Kabupaten Minahasa merekomendasikan aspirasi masyarakat untuk Pembentukan Kabupaten Minahasa Selatan, Kota Tomohon, dan kabupaten Minahasa Utara yang didukung oleh pemerintah Propinsi Sulawesi Utara.

27 JANUARI 2003

Pembentukan Kabupaten Minahasa Selatan dan Kota Tomohon ditetapkan pemerintah pusat dengan dikeluarkannya Undang-undang Nomor 10 tahun 2003 tanggal 27 Januari 2003. Terbentuknya lembaga legislatif kota Tomohon hasil Pemilihan Umum Tahun 2004, menghasilkan Peraturan Daerah Kota Tomohon Nomor 22 Tahun 2005 tentang Lambang Daerah dan Peraturan Daerah Kota Tomohon Nomor 29 Tahun 2005 tentang Hari Jadi Kota Tomohon.

Kota Tomohon diresmikan oleh Menteri Dalam Negeri Harry Sabarno atas nama Presiden Republik Indonesia pada tanggal 4 Agustus 2003.

1.Drs. Boy S. Tangkawarouw, MSc (Penjabat Walikota), 4 Agustus 2003 s.d 8 Maret 2005.

2.Jeffry R. Korengkeng, SH, MSi (Penjabat Walikota), 8 Maret 2005 s.d 17 Mei 2005.

3.Nico Pelealu, SH, MSi (Penjabat Walikota), 17 Mei 2005 s.d 4 Agustus 2005.

4.Jefferson S. M. Rumajar, SE (Walikota) dan Linneke S. Watoelangkow, SSi (Wakil Walikota), 4 Agustus 2005 s.d 4 Agustus 2010.

5.Fentje D. Goni SH, (Pelaksana Harian Walikota), 4 Agustus 2010 s.d 14 Agustus 2010

6.Drs. Gerson Mamuaja (Penjabat Walikota), 15 Agustus 2010 s.d 7 Januari 2011.

7.Jefferson S. M. Rumajar, SE (Walikota) dan Jimmy F. Eman, SE.Ak (Wakil Walikota), 7 Januari 2011 s.d 10 Januari 2011.

8.Jimmy F. Eman, SE.Ak (Plt. Walikota), 10 Januari 2011 s.d 9 Mei 2012.

9.Jimmy F. Eman, SE.Ak (Walikota), 9 Mei 2012 s.d 7 Januari 2016.

10.DR. Drs. Arnold Poli, SH, MPd (Pelaksana Harian Walikota) 7 Januari 2016

11.Drs. Sanny Parengkuan (Penjabat Walikota), 8 Januari 2016 sd 17 Februari 2016

12.Jimmy F. Eman, SE.Ak (Walikota) dan Syerly Adelyn Sompotan (Wakil Walikota), 17 Februari 2016 sd sekarang